Knihu doprovázejí stovky fotografií, reprodukcí výtvarných děl a dokumentárních materiálů.
Závěrečná část, zaměřená na události a postavy nejnovější historie, tvoří vědomou paralelu k vstupnímu oddílu (např. Zachránili vlasovci Prahu?).
Další dva bloky se zabývají především nevyjasněnými otázkami z oblasti duchovní kultury (např. Kde se vzal v Praze Golem?), zvláště dějin literatury (např. Kdo napsal Slezské písně?).
Průhledy do záhadami obestřených životů panovnických rodů přinášejí kapitoly pod shrnujícím označením Královská tajemství (např. Byl Karel Albrecht českým králem?).
následují pasáže věnované problematice zrady a zrádců (např. Albrecht z Valdštejna), hrobům a pohřbům (např. Utajený pohřeb Jana Palacha), popravám a popravištím (např. Proč musel zemřít Rudolf Slánský?).
kapitoly druhého bloku spojuje téma předčasných úmrtí (např. Smrt Jana Masaryka),
V prvním celku jsou to nevyřešené otázky českého středověku (např. Po stopách bílé paní),
Kapitoly jsou řazeny tematicky a rozčleněny do devíti oddílů, z nichž každý má společného jmenovatele.
Autoři knihy, přední čeští historici v čele s prof. Petrem Čornejem, se pokusili přiblížit a objasnit devadesát záhad českých dějin, a to v širokém rozpětí od jejich počátků až do 17. listopadu 1989.
Co se skrývá pod povrchem historických událostí